In Afrika worden de 48 beste landen ingedeeld in twaalf groepen van vier landen. De twaalf groepswinnaars en de acht beste nummers twee plaatsen zich rechtstreeks voor de volgende ronde van de kwalificatie.

In de volgende ronde van de kwalificatie worden de landen verdeeld in vijf groepen van wederom vier landen. Alleen de vijf groepswinnaars plaatsen zich rechtstreeks voor het WK. Gastland Zuid-Afrika is automatisch geplaatst voor het WK maar staat wel ingedeeld in de groepen, omdat de kwalificatie ook meetelt voor de plaatsing voor de Afrika Cup 2010.