Bouma kwam via het Helmondse Rood-Wit '62 in de jeugd van PSV, waar hij een jaar later (26 oktober 1994) al mocht debuteren als invaller in het eerste van PSV. De seizoenen daarna werd hij uitgeleend aan onder andere MVV en Fortuna Sittard, maar in het seizoen 1999-2000 werd hij toch een vaste waarde voor PSV. Officieel begon Bouma als middenvelder, maar sinds het seizoen 2002-2003 is hij vooral centrumverdediger. In 2005 verkaste Bouma van PSV naar Aston Villa in Engeland.