
In Eindhoven ging het nog beter en stond Manchester United al snel op de stoep, terwijl Van Nistelrooy dat seizoen een serieuze gooi deed naar het doelpuntenrecord van Coen Dillen. Maar helaas ging het in een training mis, terwijl hij terugkwam van een blessure forceerde hij zich en scheurde z’n kruisband finaal af. Daarmee was het doelpuntenrecord én de transfer naar Manchester van de baan.
Ook het EK 2000 ging aan Van Nistelrooy voorbij, maar een jaar later ging hij alsnog naar de Mancunians en ontpopte zich daar tot superster. Het ene na het andere doelpuntenrecord ging aan diggelen en ook in het Nederlands Elftal was hij helemaal terug. Tijdens het EK 2004 scoorde hij een aantal belangrijke doelpunten en in de aanloop naar het WK 2006 heeft Van Basten hem tot eerste spits benoemd.