Martijn Meerdin startte zijn loopbaan bij W.V.C uit Winterswijk, hier werd hij snel ontdekt door De Graafschap en in het seizoen 1998-1999 maakte Meerdink zijn debuut. Met zijn goede spel speelde Meerdink zich in de schijnwerpers en vertrok hij in 2002 naar AZ.

Begin 2005 werd Meerdink voor het eerst geselecteerd voor Oranje. Echter raakte hij op een training in Noordwijk zwaar geblesseerd aan zijn knie en dus moest zijn debuut nog even op zich wachten. Eind 2005 maakte Meerdink zijn comeback en hij speelde zich weer in de kaart van de bondscoach. Dit keer werd zijn debuut voor Oranje toch werkelijkheid.

Sinds de winterstop van seizoen 2006-2007 speelt Meerdink voor FC Groningen.